Le décret n°2021-639 du 21 mai 2021 met à jour la partie réglementaire du Code de l'urbanisme relative au contenu des SCoT, à leur structure et à leur périmètre pour prendre en compte l’ordonnance relative à la modernisation des SCoT prévue par la loi ELAN. L’objectif est d'accroître la cohérence entre les thématiques traitées et de rendre plus lisible le projet stratégique.
Le PADD est remplacé par le Projet d’Aménagement Stratégique (PAS), qui coexiste avec le Document d’Orientations et d’Objectifs (DOO). Les éléments constituant le rapport de présentation - y compris le rapport environnemental qui fait état de la démarche d’évaluation environnementale - passent en annexe.

En cas de révision, de modification ou de mise en compatibilité du SCoT, les annexes sont complétées par l'exposé des motifs des changements apportés.
Seuls les EPCI ou les groupements de collectivités territoriales compétents peuvent dorénavant initier l'élaboration d'un SCoT. Si plusieurs départements sont concernés par un projet de SCoT commun, c’est un arrêté conjoint des préfets des départements intéressés qui délimite le périmètre.
Dans le cadre de l’élaboration, la révision ou la modification d’un SCoT, lorsqu’une réduction des espaces agricoles ou forestiers est prévue, la Chambre d’Agriculture, l’Institut National de l’Origine et de la Qualité dans les zones d’appellation d’origine contrôlée et le Centre national de la Propriété Forestière disposent désormais de 3 mois pour formuler leur avis contre 2 mois précédemment.

Quand le périmètre du SCoT inclut des communes littorales, le diagnostic du territoire doit désormais décrire les conditions de l'utilisation de l'espace marin et terrestre du littoral, les perspectives d'évolution de ce milieu et la justification des orientations retenues, en matière de développement, de protection et d’équipement.