Le Conseil d’État explique que lorsqu’un PC porte sur un projet de construction impliquant l’atteinte ou l’abattage d’un ou plusieurs arbres composant une allée ou un alignement le long d’une voie de communication, l’autorisation d’urbanisme vaut octroi de la dérogation prévue par le troisième alinéa de l’article L. 350-3 du Code de l’environnement.

Pas de législations indépendantes, l’autorité administrative compétente pour délivrer l’autorisation d’urbanisme doit s’assurer, sous le contrôle du juge de l’excès de pouvoir, de la nécessité de l’abattage ou de l’atteinte portée aux arbres pour les besoins du projet de construction ainsi que de l’existence de mesures de compensation appropriées et suffisantes à la charge du pétitionnaire ou du maître d’ouvrage.

Mais cela vaut uniquement pour les projets antérieurs à la loi 3DS du 21 février 2022, qui a modifié l’article L. 350-3 du Code de l’environnement.
Depuis cette loi, la dérogation est accordée par le préfet, et non l’autorité compétente pour délivrer les autorisations d’urbanisme.