La définition du permis modificatif (sur volonté du pétitionnaire) a connu au fil des années des évolutions. D'abord entendu comme le permis qui consacrait des modifications « sans influence sur la conception générale du projet initial » (Conseil d'Etat du 26 juillet 1982, n°23604), cette référence à la conception générale du projet s'est maintenue pendant de longues années, à quelques adaptations près, le juge veillant à ce que les modifications autorisées n'atteignent « ni la conception générale du projet, ni l'implantation des bâtiments, ni leur hauteur » (Conseil d’Etat, 21 décembre 2001, n°211663). En 2015, la jurisprudence semblait abandonner les critères d'implantation et de hauteur, pour revenir au critère de l'atteinte à la conception générale à raison de la nature ou de l'ampleur des modifications apportées (Conseil d'État, 1er octobre 2015, n°374338).

Or, le permis modificatif intervenant dans le cadre d'une demande de régularisation par le juge conférait au pétitionnaire une plus grande marge de manœuvre, ce que révèle la formulation plus large adoptée par la jurisprudence dans ce cas : « un vice entachant le bien-fondé de l'autorisation d'urbanisme est susceptible d'être régularisé en vertu de l'article L. 600-5-1 du Code de l'urbanisme, même si cette régularisation implique de revoir l'économie générale du projet en cause, dès lors que les règles d'urbanisme en vigueur à la date à laquelle le juge statue permettent une mesure de régularisation qui n'implique pas d'apporter à ce projet un bouleversement tel qu'il en changerait la nature même » (Conseil d'État, 17 mars 2021, n°436073).

Par une décision récente, le Conseil d'Etat a désormais unifié l'ensemble, en précisant que le permis modificatif sur demande « spontanée » peut désormais être délivré pour autant que les modifications envisagées ne bouleversent pas le projet au point d'en changer la nature même : « l'autorité compétente, saisie d'une demande en ce sens, peut délivrer au titulaire d'un permis de construire en cours de validité un permis modificatif, tant que la construction que ce permis autorise n'est pas achevée, dès lors que les modifications envisagées n'apportent pas à ce projet un bouleversement tel qu'il en changerait la nature même » (Conseil d'État, 26/07/2022, n°437765).

Selon les conclusion du rapporteur public, la vigilance reste tout de même de mise, notamment dans l’appréhension de la notion par les services instructeurs : « Il est vrai que la tâche des services instructeurs pourrait s’avérer plus délicate lorsqu’il s’agira, face à une demande de permis modificatif revoyant de fond en comble le projet, de faire la part des changements intervenus par rapport au permis initial, là où la règle actuelle impose en pareil cas le dépôt d’un nouveau dossier complet, plus aisé à appréhender. »